Il sistema gallerie Lonato, della lunghezza complessiva di 7.950 metri, comprende le trincee di approccio ed uscita, cui seguono le due gallerie artificiali e le singole canne della galleria naturale. La galleria naturale, a doppia canna a singolo binario, con una lunghezza complessiva di circa 4.800 metri è la più lunga di tutto il tracciato. Nel settembre del 2022 è stata realizzata la prima canna a singolo binario così come entrambi i sotto attraversamenti dell’autostrada A4.

Lo scavo della galleria naturale Lonato è terminato nel febbraio del 2024.

E’ completata la posa dell’armamento ferroviario e la realizzazione dei  bypass di sicurezza e impiantistici (gallerie di lunghezza di circa 20 metri che collegheranno le due canne) e delle nicchie adibite agli impianti tecnologici, mentre è in corso l’installazione dei sistemi tecnologici.